我的问题,:
1. 我以前用perl已经比较顺利了.
用 shell的时候, 在正则表达式的使用上遇上了难题.
比如在perl里, 可以用以下测试;
代码： 全选
if ($line=~/>/)#这样可以找出DNA序列文件, fasta格式中的头行
代码： 全选
if ($line=~/>(Os01g........)/)#可以找出基因的ID号$1
2. 在perl里,经常读入一行文本, 然后用
代码： 全选
@row=split "\t", $line;
...get the fields i need,
...sometime edit the fields
...for example "134-341", which is split to $num1=134, and $num2=341 further,
...then i can use this position to get DNA sequence from the genome
...something like that
我看了grep, sed, awk, 也看了别人用eval, 显然这些都很能达到目的.
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