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请教大神们一个依次调动软件计算的脚本
发表于 : 2014-05-01 18:21
由 slaaack
各位大神,新手请教来了。
我的问题是,我有10个文件夹,每个里面都有输入文件(si.in)。
我想调动一个计算软件(已经安装好)依次对它们计算,并且分别把计算结果放在相应的文件夹。
请问这样的shell脚本应该怎么写?
如果是依次计算的话,如何判断上次的程序已经计算完成了?
谢谢
Re: 请教大神们一个依次调动软件计算的脚本
发表于 : 2014-05-01 19:24
由 月下叹逍遥
难道是qe?用pbs作业管理系统吧。
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Re: 请教大神们一个依次调动软件计算的脚本
发表于 : 2014-05-01 22:40
由 slaaack
确实是QE,不是集群,装pbs是不是太浪费资源了。我的问题是用脚本调动第一次计算之后,什么时候调动第二次?有什么办法判断第一次已经结束了?(查看进程?)
Re: 请教大神们一个依次调动软件计算的脚本
发表于 : 2014-05-02 10:38
由 月下叹逍遥
其实最简单的方式是依次执行就是,只有前面执行完了后面才会接着执行,
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Re: 请教大神们一个依次调动软件计算的脚本
发表于 : 2014-05-02 10:39
由 月下叹逍遥
我自己的工作站就装了个pbs,有啥浪费不浪费的啊
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Re: 请教大神们一个依次调动软件计算的脚本
发表于 : 2014-05-02 10:49
由 slaaack
月下叹逍遥 写了:其实最简单的方式是依次执行就是,只有前面执行完了后面才会接着执行,
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这个依次执行,判断上一个计算完成的依据是什么呢,如下
#!/bin/bash
for var in 1 2 3 4 5 6; do
cd /home//QE_work/attice_constant/$var
mpirun -np 4 pw.x < lc.in > lc.out &
done
lattice_constant下有六个文件夹名字依次为1~6,这样的话,1~6里面的输入文件都在计算。
Re: 请教大神们一个依次调动软件计算的脚本
发表于 : 2014-05-02 11:12
由 月下叹逍遥
没玩过shell,
不过,
sudo apt-get update&& sudo apt-get upgrade
是先执行完update再执行upgrade,也就是说shell是串行执行的,而不是并行
Re: 请教大神们一个依次调动软件计算的脚本
发表于 : 2014-05-02 14:16
由 astolia
slaaack 写了:月下叹逍遥 写了:其实最简单的方式是依次执行就是,只有前面执行完了后面才会接着执行,
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这个依次执行,判断上一个计算完成的依据是什么呢,如下
#!/bin/bash
for var in 1 2 3 4 5 6; do
cd /home//QE_work/attice_constant/$var
mpirun -np 4 pw.x < lc.in > lc.out &
done
lattice_constant下有六个文件夹名字依次为1~6,这样的话,1~6里面的输入文件都在计算。
你把&删掉就顺序执行了