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jack@jack-desktop:~/bioI/probaligngui_beta_1.1$ ./install.sh
make:进入目录'/home/jack/bioI/probaligngui_beta_1.1/probalign/src'
g++ -O3 -W -Wall -funroll-loops -lm -o ../bin/probalign Main.cc PostProbs.cc ComputeAlignment.cc ReadMatrix.cc
Main.cc: In function ‘MultiSequence* DoAlign(MultiSequence*)’:
Main.cc:276: 错误： ‘strlen’在此作用域中尚未声明
Main.cc: In function ‘bool GetInteger(char*, int*)’:
Main.cc:422: 错误： ‘LONG_MAX’在此作用域中尚未声明
Main.cc:422: 错误： ‘LONG_MIN’在此作用域中尚未声明
Main.cc:424: 错误： ‘INT_MIN’在此作用域中尚未声明
Main.cc:424: 错误： ‘INT_MAX’在此作用域中尚未声明
Main.cc: In function ‘SafeVector<std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > > ParseParams(int, char**)’:
Main.cc:522: 错误： ‘strcmp’在此作用域中尚未声明
Main.cc:537: 错误： ‘strcpy’在此作用域中尚未声明
Main.cc:745: 错误： ‘strcpy’在此作用域中尚未声明
make: *** [../bin/probalign] 错误 1
make:离开目录“/home/jack/bioI/probaligngui_beta_1.1/probalign/src”

安装一个软件时出现的问题，请高手帮忙看看！！

你到底想安装什么软件。至少你把要编译的软件名子告诉大家吧。每个源代码包里通常有Readme和install两个文件。请仔细阅读这两个文件里的内容，它们会告诉你如何安装。

软件是probalign（核酸或蛋白质序列对位排列程序），里面的readme文件直接说双击install.sh，
我在装probcons（核酸或蛋白质序列对位排列程序）时也出现了上述问题。但是可以通过新立得安装。但是probalign新立得里面没有，只能源码装。出现上述编译不成功可能是缺了一些包。
那位高手知道症结所在？？？
以下是probalign的下载地址，http://probalign.njit.edu/standalone.html。我只装上了gui的界面，软件没有装成功。

楼主这个软件需要JAVA的支持，所以JAVA的运行环境你需要安装，JAVA的开发库也需要安装，另外你的g++编译没有通过很有可能缺少C++的开发库，推荐你安装libstdc++6-4.3-dev这个库。

JAVA 和 libstdc++6-4.3-dev 之前都是装了的。我的系统是9.04。