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fnan 写了： #时间是问题，难道想知道cpu连续运行多久会变成化石？

着眼点不同，我意图里lz期待的是各种组合的图形，因此可以慢慢一个个的画。你的意图在于计算出最后的总的组合数。要求得到最后总的解的话，时间肯定成问题。

其实真正应用里，比方讲，要建一个用于筛药的小分子化合物库，库容比如说几百万（其实就算建起来，国内合不出来的，药物所的库是国外公司送的），给定碳原子数范围，然后尽可能的给出可能的结构式去合成。可以由实际导出很多约束去剪枝备选空间的，比如做药代的人应该会有个大致把握，比如分子量、通透性、杂环数都会有范围的，哪有这样硬来从头算的。那种情况最实际也是建表去构建基本骨架，然后再零星在活性位点上随机添。甚至设计个机器学习算法，建个模型去做筛子也比用纯数学从头来靠谱的多。。。。。

tangboyun 写了：

fnan 写了： #时间是问题，难道想知道cpu连续运行多久会变成化石？

着眼点不同，我意图里lz期待的是各种组合的图形，因此可以慢慢一个个的画。你的意图在于计算出最后的总的组合数。要求得到最后总的解的话，时间肯定成问题。

其实真正应用里，比方讲，要建一个用于筛药的小分子化合物库，库容比如说几百万（其实就算建起来，国内合不出来的，药物所的库是国外公司送的），给定碳原子数范围，然后尽可能的给出可能的结构式去合成。可以由实际导出很多约束去剪枝备选空间的，比如做药代的人应该会有个大致把握，比如分子量、通透性、杂环数都会有范围的，哪有这样硬来从头算的。那种情况最实际也是建表去构建基本骨架，然后再零星在活性位点上随机添。甚至设计个机器学习算法，建个模型去做筛子也比用纯数学从头来靠谱的多。。。。。

多谢你的建议，我是搞团簇研究的，你知道团簇化学跟一般的化学有点区别，结构并不一定要符合化学规则，我看文献，对于原子个数少的团簇，完全可以穷举法画出来，但是个数多了，比如到了8个，就有点力不从心，所以才出此策。但后来一想，就算全部画出来，也有可能达到惊人的数目，全部拿来计算不太现实。原子个数多了的话，其实归根结底还是要回归到得到局域能量最小的结构，你说呢？

那，你说的那块我就不是太懂了。如果你想用遗传算法的话，可以参考下相关文献，甚至写信去问问作者一些细节问题。要去逼近的话，1，是考虑如何编码你的特征，即染色体是怎么编码的。2是查阅具体的obj func的公式(这里非专业人士真帮不到你的，涉及到领域知识和你要用的数据结构)，这两个解决了，其他的细节调整都比较好办，算法框架就出来了。

tangboyun 写了：那，你说的那块我就不是太懂了。如果你想用遗传算法的话，可以参考下相关文献，甚至写信去问问作者一些细节问题。要去逼近的话，1，是考虑如何编码你的特征，即染色体是怎么编码的。2是查阅具体的obj func的公式(这里非专业人士真帮不到你的，涉及到领域知识和你要用的数据结构)，这两个解决了，其他的细节调整都比较好办，算法框架就出来了。

多谢，只能采用别的办法啦，穷举法用于原子个数多的结构一点不现实，耗时耗力。

最近用python 写个通信程序，无意间浏览网页看到一个类似相关的工具包。

希望对LZ有用。

http://www.python.org/about/success/mmtk/ python上的介绍

http://dirac.cnrs-orleans.fr/MMTK/ 此项目的主页


Simulating Biomolecules with Python

模拟生物分子 with python

Background

The Molecular Modeling Toolkit (MMTK) is a open source Python library for molecular modeling and simulation with a focus on biomolecular systems, written in a mixture of Python and C. It provides standard techniques such as Molecular Dynamics or normal mode calculations in a ready-to-use form, but also provides a basis of low-level operations on top of which new techniques can easily be implemented.

基于 python 开源库 的 分子模拟工具包，用于 分子建模 和 着重于模拟生物分子系统，python于C混编。
它提供标准的技术例如 分子动力学 或 现成使用形式下的正常计算模式？？ 而且还提供了一些低级别操作，在这基础上很容易实现新技术。

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