零基础,手把手教你用Blender制作:新冠病毒COVID-19真实的3D蛋白质结构
(1)进入“国际蛋白质PDB数据库”网站 http://www.rcsb.org ,首页就能看到一张很明显的标注有COVID-19的图,
点击图片进下一个网页,拉到最下面,有个链接 http://dx.doi.org/10.2210/pdb6lu7/pdb 点击它,
即可下载保存 6lu7.pdb.gz 文件,解压缩得到 6lu7.pdb 文件。很小,才200多k。
(2)进入 http://www.blender.org 网站下载适合你电脑的Blender,开源软件,免费正版,解压缩即可运行。点击菜单栏的 Edit => Preferences... 在弹出的窗口左边选择 Add-ons 右边上方的放大镜输入 pdb ,在搜索到的结果中,勾选 Import-Export: Atomic Blender PDB/XYZ
(3)回到Blender的主界面,点击菜单栏的 Edit => Import => Protein Data Bank (.pdb) 在弹出的窗口中,选中刚才下载并解压缩得到的 6lu7.pdb 文件,点击右下角的Import prot...Bank(*.pdb)按钮。
(4)现在,真实的COVID-19新冠病毒3D蛋白质结构,就已经展现出来了,滚动鼠标滚轮可以放大缩小,按着鼠标滚轮移动鼠标可以旋转观察。在右上角的列表中可以看到,红色的是Oxygen氧原子,蓝色的是Nitrogen氮原子,灰色的是Carbon碳原子,黄色的是Sulfur硫原子。可以分别修改各个原子的大小,让整体看起来更美观——这属于更深入的Blender使用方法了,感兴趣的话就一起学习Blender吧!不要以为Blender仅仅是用来做3D动画的,它在科学应用、教学研究方面用处是很多的。
(5)为什么这个3D模型和电视上看到的冠状病毒形状不一样?不应该是球形的、有一个个突起的吗?这就得科普一下了,球形的带一个个突起那是病毒的“外壳”,病毒的真正核心是其内部的RNA,所以这个3D模型展现的就是COVID-19新冠病毒的核心3D蛋白质结构。如果要把病毒的“外壳”蛋白质结构也真实还原出来,那原子个数就不知有几万亿了,普通的家用电脑是撑不住的,电视上的球形冠状病毒动画也都是虚拟的,不是每个原子都真实还原的。
零基础,手把手教你三分钟用Blender制作:新冠病毒COVID-19真实的3D蛋白质结构
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Re: 零基础,手把手教你三分钟用Blender制作:新冠病毒COVID-19真实的3D蛋白质结构
mark
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