新型生物信息平台统BioInfoServ及云计算

Ubuntu各种衍生版本
回复
头像
highwind
帖子: 1362
注册时间: 2008-09-05 23:31
系统: LinuxMint17

Re: 新型生物信息平台统BioInfoServOS

#181

帖子 highwind » 2009-08-05 22:40

挺好的。

为啥看不了手册啊?要注册是吧?
头像
biowee
帖子: 287
注册时间: 2006-07-31 22:55
联系:

Re: 新型生物信息平台统BioInfoServOS

#182

帖子 biowee » 2009-09-02 16:48

很抱歉,我们耽搁了太久。不过,我们近期将释放新的东西,包括新的系统光盘、系统手册、软件手册、软件仓库等。一有消息,我们将在下面站点进行发布:

http://biolinux.cqmu.edu.cn/
http://www.bioinfoserv.org
上次由 biowee 在 2010-02-28 16:54,总共编辑 1 次。
bioldex
帖子: 15
注册时间: 2009-09-14 16:32

Re: 新型生物信息平台统BioInfoServOS

#183

帖子 bioldex » 2009-09-17 8:55

BioInfoServ 3.0正式发布,新版本3.0基于Xubuntu 8.04,提供Live DVD和Live CD两种版本。前者整合度和集成度较高,可一次安装,一次性获得BioInfoServ 3.0的特性。而后者需要您在系统安装后(或者在原有的Xubuntu 8.04系统上),进行升级以获取BioInfoServ 3.0的特性。本着系统稳定的要求,BioInfoServ 3.0依然基于Xubuntu LTS进行定制和开发:

新版的硬件需求如下:

处理器(CPU):>=1.0GHz
内存(Memory):>=384M
光驱:CD读取速度>=24X,DVD读取速度>=16X,缓存>=512K
硬盘:转速>=5200,空间大小>=10G。

1、新版本修改了光盘启动图片背景及采用新的字体组合BitSteam(DejaVuSans)和文泉驿正黑(wqy-zenhei)显示光盘帮助说明。同时,系统提供了新的桌面背景图片、图标和GDM登录界面

2、目前的3.0保留了部分旧的库文件(如lesstif-0.92.98-2等),以便能向下支持原有部分生物信息软件的正常运行。3、新版本升级和开发了新的菜单文件系统(具体体现在/usr/share/desktop- directories和 /etc/xdg/menus/xfce-applications.menu中),使得菜单系统在分类显示程序方面更加合理,方便用户快速地找到并打开系统管理设置程序及生物信息相关软件

4、新版本将EMBOSS升级到6.06,并增加了kaptain图形界面,保留了rasmol的经典版本(带命令行输出)和全图形界面版本,新整合ugene、molegro、gedas等生物信息软件。目前,新版本所提供的生物(信息)软件已经遍及“分子可视化、基因设计、基因组注视及分析、生物芯片、生物图形处理、系统发育、序列操作、序列分析、序列位点扫描及引物设计“等方面。同时,生物软件手册及生物信息分析指南也在新版中得以体现。

5、系统进行了桌面系统的全面升级(Xfce 4.6.1)和部分系统库文件升级,如libstlport4.6ldbl、libcolamd、 lp-solve、libdbus-glib-1-2、liborbit2、libdb4.7、libxrandr2、libxinerama1、 ure、uno-libs3、libc6、findutils、libxi6、libgcrypt11、libgnutls26、libpcre3、 libselinux1、libglib2.0-0、libpixman-1-0、librdf0、libgtk2.0-0、libcairo2、 libcbf0、libgtk2.0-0、libstdc++6等更是升级到与Xubuntu 9.04同级的水平。这样,使得rasmol、arb等软件运行更加流畅。而且,在此基础上,您也可以安装使用办公软件opeoffice.org 3.1.1版本了(新版本软件仓库针对BioInfoServ3.0系统推出了相应openoffice.org安装资源)。

6、新版本提供了全新的系统手册,使用户能快速、有效地熟悉和使用系统。

7、新版本对Xfce4桌面系统和内置的部分软件进行了较为深入的语言文件翻译修正及优化,以使汉语语言用户有更好的本地语言界面。这些文件包括:

aptoncd.po、system-config-samba.po、bibus.po、Thunar.po、 brasero.po、 thunar-volman.po、catfish.po、gqview.po、pybliographer.po、 pyNeighborhood.po、referencer.po、xfce4-screenshooter.po、xfce4-places- plugin.po、xfce4-session.po、xfce4-battery-plugin.po、xfce4-settings.po、 xfce4-cpugraph-plugin.po、xfce-session.po、xfce4-mixer.po、xfce-utils.po、 xfce4-netload-plugin.po、xfconf.po、xfce4-notes-plugin.po、xfdesktop.po、 xfce4-panel.po等。

8、 多个bug的修复和修正….
图片

更多信息见:http://www.bioinfoserv.org
下载地址:http://www.bioinfoserv.org/BioLinux/mod ... .php?cid=1
bioldex
帖子: 15
注册时间: 2009-09-14 16:32

Re: 新型生物信息平台统BioInfoServOS

#184

帖子 bioldex » 2009-09-26 9:12

目前,站点已经更新了多个wine技术下的windows生物信息软件:

[ ] bioinfoserv-GENtle_1..> 25-Sep-2009 15:31 3.5M
[ ] bioinfoserv-anthepro..> 25-Sep-2009 16:43 18M
[ ] bioinfoserv-bioedit_..> 23-Sep-2009 14:57 9.6M
[ ] bioinfoserv-elecGel_..> 25-Sep-2009 16:21 227K
[ ] bioinfoserv-mega_4-1..> 25-Sep-2009 23:51 11M

详情见软件仓库手册
老农民
帖子: 183
注册时间: 2006-12-22 20:44

Re: 新型生物信息平台统BioInfoServOS

#185

帖子 老农民 » 2009-09-28 15:37

Firefox 无法建立到 www.bioinfoserv.org 服务器的连接。
头像
biowee
帖子: 287
注册时间: 2006-07-31 22:55
联系:

Re: 新型生物信息平台统BioInfoServOS

#186

帖子 biowee » 2009-10-02 9:09

主站点服务器及备份站点服务器在国庆期间被暂停。实在无奈!中国的网络环境就是这样。
上次由 biowee 在 2010-02-28 16:54,总共编辑 1 次。
moonstat
帖子: 3
注册时间: 2009-09-17 22:12

Re: 新型生物信息平台统BioInfoServOS

#187

帖子 moonstat » 2009-10-13 17:00

那么久了,网站还没有恢复,遗憾啊。
tiddler
帖子: 10
注册时间: 2009-03-26 21:52

Re: 新型生物信息平台统BioInfoServOS

#188

帖子 tiddler » 2009-10-16 14:30

期待早点恢复,下载一个,试用一下!
moonstat
帖子: 3
注册时间: 2009-09-17 22:12

Re: 新型生物信息平台统BioInfoServOS

#189

帖子 moonstat » 2009-10-28 16:24

主站终于又通了 :em51
头像
biowee
帖子: 287
注册时间: 2006-07-31 22:55
联系:

Re: 新型生物信息平台统BioInfoServOS

#190

帖子 biowee » 2009-11-01 20:09

呵呵,是通了,主站服务器硬件上一直有点问题,而且内存比较小(256M)。由于服务器远在四川,只是请人帮忙维护。所以,服务器一旦罢工,维护上会有所延迟。目前,如果有更好的公网IP的话,那就很好解决,因为我们已经有全新的服务器。

至于备份站点,是申请的学校服务空间。由于这个空间上本身就有学校多个部门的站点,因此,不可能把下载的软件都放到上面(流量被严格限制,而且处于稳定要求,不允许进行大容量软件下载服务)。
上次由 biowee 在 2010-02-28 16:54,总共编辑 1 次。
bioldex
帖子: 15
注册时间: 2009-09-14 16:32

Re: 新型生物信息平台统BioInfoServOS

#191

帖子 bioldex » 2010-01-15 14:05

不得不再次通知:

1、由于远在四川的服务器一直以来毛病不断,今不得不暂停该站点服务器。当然,您还是可以通过www.bioinfoserv.org访问到站点目前的页面通知状态

2、您所看到的页面采用了ADSL联网模式和“动态IP+国际域名”结合的办法,位于ADSL路由器后端。

3、您目前能教完整访问的站点为:http://biolinux.cqmu.edu.cn/zh/

4、如果您要下载BioInfoServ的光盘文件,可由此地址进行: http://rgbi.xicp.net/bioinfoserv/ISO/

5、本通知网页如果稳定,届时也会变成一个提供服务的站点,以更稳定地提供服务。
头像
biowee
帖子: 287
注册时间: 2006-07-31 22:55
联系:

Re: 新型生物信息平台统BioInfoServOS

#192

帖子 biowee » 2010-01-28 14:54

经过努力修复,目前主站点服务基本恢复正常。原来的400多个用户注册数据也一并恢复,如果您原来在本站注册过帐户,请你试着以原有的帐号和密码进行登录。

本站的下载中心目前尚未恢复正常,请大家暂时由http://rgbi.xicp.net/bioinfoserv/ISO/进行系统光盘下载。至于相应的软件仓库(http://deb.bioinfoserv.org),目前也已经正常,欢迎大家访问。
头像
biowee
帖子: 287
注册时间: 2006-07-31 22:55
联系:

Re: 新型生物信息平台统BioInfoServOS

#193

帖子 biowee » 2010-02-15 0:25

目前,主站点正在建设软件在线安装服务,希望能对大家有用。,也希望大家提出建议。

untitled.JPG
头像
biowee
帖子: 287
注册时间: 2006-07-31 22:55
联系:

升级修正版本bBioInfoServ 3.0.2释放

#194

帖子 biowee » 2010-02-28 0:14

继3.0版本发布后,升级修正版本3.0.2(只有Live CD,没有Live DVD)进行了发布。其主要特性继承了3.0的特性,但也对3.0版本存在的一些问题进行了升级和修正:

1、修正了gnome- power-manager软件包的安装错误;

2、修正了gmount-iso、xfce-session、xfce-pannel等汉化文件的错误或缺失;

3、修正了GDM主题中bioinfoserv中的缩略图缺失和背景图片;

4、增加了 xkill(终止未响应程序)菜单,增加了wine程序1.3.6(增加了windows程序依赖包安装工具winetricks)以及增加了以 apturl为基础的在线软件安装服务。

5、增加了firefox3.6(保留了原系统中3.0.18)和mutlget下载工具。

6、升级了系统内核到2.6.24-27-generic,并升级了一些库文件,如libgphoto2-port0, libgd2-xpm, libbogl0, libasound2, libgtk1.2, libselinux1, libsqlite3-0, libxml2等。

下载地址
上次由 biowee 在 2010-02-28 16:53,总共编辑 1 次。
头像
shinery
帖子: 1378
注册时间: 2009-07-22 22:23

Re: 新型生物信息平台统BioInfoServOS

#195

帖子 shinery » 2010-02-28 2:53

以前装过又删掉了,最主要的问题是不知道这些生物软件该怎么使用。
愿扣上你双手,至繁华浪处到沙丘。
回复