新型生物信息平台统BioInfoServ及云计算

Ubuntu各种衍生版本
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biowee
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Re: 新型生物信息平台统BioInfoServOS

#196

帖子 biowee » 2010-03-12 3:14

这个问题,我们已经注意到,会编写较详细的使用文档。
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biowee
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Re: 新型生物信息平台统BioInfoServOS

#197

帖子 biowee » 2010-05-04 8:53

我们的站点,现在启用了文献数据库系统,如果您喜欢,您会在这里找到有关生物信息学难得的书籍和论文。

文献系统
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shinery
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Re: 新型生物信息平台统BioInfoServOS

#198

帖子 shinery » 2010-05-21 22:22

问一个问题阿,为什么生物软件基本上都是用java开发?
愿扣上你双手,至繁华浪处到沙丘。
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Re: 新型生物信息平台统BioInfoServOS

#199

帖子 biowee » 2010-06-07 10:38

采用java开发,有一个好处就是容易跨平台运行。例如在windows和Linux下至需要安装sun-java6-jre这个运行环境后,以JAVA为开发语言的生物信息软件,就可以这两平台下运行使用,且界面完全一致。不过,java开发的生物信息软件,在用户界面优化和美化上比较花功夫,不太容易做。

因此,在系统软件上,很少有用java语言来开发这些软件界面。
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shinery
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Re: 新型生物信息平台统BioInfoServOS

#200

帖子 shinery » 2010-06-07 11:28

biowee 写了:采用java开发,有一个好处就是容易跨平台运行。例如在windows和Linux下至需要安装sun-java6-jre这个运行环境后,以JAVA为开发语言的生物信息软件,就可以这两平台下运行使用,且界面完全一致。不过,java开发的生物信息软件,在用户界面优化和美化上比较花功夫,不太容易做。

因此,在系统软件上,很少有用java语言来开发这些软件界面。
谢谢,小规模的运算用java开发可以的,主要是界面最好不用java做。
愿扣上你双手,至繁华浪处到沙丘。
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Re: 新型生物信息平台统BioInfoServOS

#201

帖子 biowee » 2010-11-18 23:33

3.0版本释放出来已有一定时日,我们现在制作了3.0系统特性增强的一些软件包(这些特性在4.0中会得以体现的),您可以尝试进行如下升级:

首先,打开终端窗口,键入如下命令(拷贝到终端窗口即可):

sudo apt-get remove orage thunar-archive-plugin thunar-media-tags-plugin xfce4-appfinder xfce4-clipman-plugin xfce4-cpugraph-plugin xfce4-dict xfce4-fsguard-plugin xfce4-mailwatch-plugin xfce4-mixer xfce4-mount-plugin xfce4-netload-plugin xfce4-notes-plugin xfce4-panel xfce4-places-plugin xfce4-quicklauncher-plugin xfce4-session xfce4-settings xfce4-smartbookmark-plugin xfce4-systemload-plugin xfce4-verve-plugin xfce4-weather-plugin xfce4-xkb-plugin xfdesktop4 xfdesktop4-data xfswitch-plugin xubuntu-artwork xubuntu-default-settings xubuntu-desktop xfcedesktop

完成后,随即键入命令:sudo apt-get update 更新软件仓库(当然,请你保证加入BioInfoServ3.0的软件仓库)。

此时再键入命令:sudo apt-get install bioinfoserv-xfcedesktop,安装完后,您将会看到桌面环境,如右键菜单功能、更完备的系统设置工具、网页浏览器firefox的增强等。

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系统程序菜单变化、文件管理器thunar右键菜单变化等,如下:

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firefox的增强来自火狐中国的特色插件、以及针对网络的代理工具、生物信息学网址标签等,如下图:

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至于要使用生物信息软件,则需要重新安装bioinfoserv-base-directories及其相应的生物信息软件。

如有问题,欢迎反馈。
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Re: 新型生物信息平台统BioInfoServOS

#202

帖子 biowee » 2011-03-14 21:31

BioInfoServ 4.0版本出来了有一段时间了(ISO文件下载地址在此),如果要从10.04或者/11.10获得BioInfoServ 4.0的特性,可参照这个指南

另外,针对性的生物信息软件仓库也进行了更新。具体方法是:

在/etc/apt/sources.list中加入以下行

#适合BioInfoServ 4.0/ubuntu lucid 10.04
deb http://deb.bioinfoserv.org/BioInfoServD ... YuleSmart/ /

然后保存该文件,利用新立得进行更新操作。随即,搜索bioinfoserv,可看到大量的生物信息软件。
附件
bioinfoserv4.0.png
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Re: 新型生物信息平台统BioInfoServOS

#203

帖子 biowee » 2011-08-24 14:02

4.0软件仓库目前已经新增了更多有用的软件包,欢迎大家添加软件仓库地址更新刷新。
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Re: 新型生物信息平台统BioInfoServ

#204

帖子 biowee » 2014-01-07 0:29

BioInfoServ 5.03是在5.0(查看5.0释放说明)的基础上进行的系统增强、修复及生物信息软件大幅度升级而形成的(下载地址):

1. 修复原系统出现在软件安装时会出现”无法找到的依赖性或已安装软件“的错误;

2. 解决了部分运行库缺失及低版本和高版本的要求;

3. 对生物信息软件菜单类别进行优化与修复;

4. 大量升级和增强功能更多的生物信息软件,此次增强的生物信息软件集中在“基因预测”(如 GeneMark Suit, Augustus)、“基因表达“(jExpress, Aglient, BioConductor)、“基因组分析”(Mauve, Artemis, GenomeComp, Appolo, Argo, BRIG, IGV, geWorkbentch, myRAST)、“R统计分析”(R-commander, Rattle, JGR, ape)、“序列组装”(SOAPDenovo, Newbler, Tablet, bwa, bowtie, samtools, Mothur)、“序列特征“(ELPH, profbval, chimerasLayer, Wigeon)、“作图/图形化工具”DNA-ploter, GNU-plot, qtiPlot, TreeView, Cluster)及ARB, BioKepler, Mega, BioPHP, BLST2KEGG和“生物信息软件手册”等方面,其对应的生物信息软件仓库也得到重新编译、打包、修正及更新(见软件界面预览页面)

5. 制作了BioInfoServ系统软件界面预览页面.

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